Etikprövningsmyndighetens beslut kan vara av fyra slag. Ansökan kan antingen godkännas, godkännas med villkor, avslås eller avvisas. Vid avvisning prövas inte ansökan i sak. 

Ett godkännande upphör att gälla om inte forskningen har påbörjats senast två år efter det att beslutet om godkännande vann laga kraft.

Tidsfrister

Normalt bör Etikprövningsmyndigheten fatta beslut inom sextio dagar efter det att en komplett ansökan har inkommit. Från och med den 1 maj 2004 gäller särskilda tidsfrister vid ansökningar som avser klinisk läkemedelsprövning, se förordningen (2003:615) om etikprövning av forskning som avser människor §§ 5-7. Avser ansökan läkemedel för genterapi eller somatisk cellterapi eller läkemedel som innehåller genetiskt modifierade organismer är tidsfristen 90 dagar. I de fall det finns föreskrifter om skyldighet för Etikprövningsmyndigheten att höra någon annan myndighet bör beslut normalt fattas inom 180 dagar efter att ansökan är komplett.

Om ansökan avser xenogen cellterapi finns det ingen tidsbegränsning. För övriga nya ansökningar som avser kliniska läkemedelsprövningar är tidsfristen 60 dagar.