Överklagandenämnden för etikprövning genomför egeninitierade tillsyn genom s.k. skrivbordsinspektion, vilket innebär att dokumentation inhämtas från t.ex. forskare och forskningshuvudmän. När nämnden anser att det är nödvändigt kan även platsinspektion hos forskningshuvudmannen genomföras. 

Val av tillsynsområden utgår främst från kriterier fastställda i nämndens tillsynspolicy och är enligt följande:

• Betydande osäkerhet om efterlevnad av etikprövningslagen
  Ett forskningsområde eller en för olika forskningsområden gemensam frågeställning där det finns indikationer eller råder betydande osäkerhet om huruvida etikprövningslagen efterlevs och Överklagandenämnden har identifierat ett behov av tydliggörande vägledning. Det kan t.ex. vara forskningsområden där det finns indikation att tillståndspliktig forskning sker utan etikprövningstillstånd, nya forskningsområden eller forskningsetiskt kontroversiella forskningsområden.
  
  
• Forskningsområden med potentiellt hög risk för forskningspersoner
  Forskningsområden eller forskningspersoner där de potentiella riskerna är särskilt höga. Det kan t.ex. vara ett forskningsområde där forskningspersonerna har begränsad förmåga att ta till sig forskningsinformation eller har nedsatt beslutsförmåga.

Tillsynsområdena presenteras i nämndens årliga tillsynsplan.

När tillsynen för ett område är avslutad sammanfattas resultatet i en rapport.